《环境工程微生物学》是环境工程专业核心主干专业基础课，兼具理论性、系统性以及工程实践性，在环境工程专业的人才培养体系中发挥着筑基赋能的关键作用。针对课程教学中长期存在的内容庞杂学生难以融会贯通、基础课程育人特色不足、线上线下多教学要素融合度低等突出问题，依托近三年学生问卷调查数据，结合新工科建设、工程教育专业认证及“双碳”战略育人要求，开展线上线下混合式教学改革实践。本次改革重构课程知识体系，结合行业与区域发展需求优化教学内容，搭建模块化数字化教学资源，创新构建“1+3+X”混合式教学体系，优化全过程多元化考核评价模式，并打造双碳特色课程思政育人机制。实践表明，改革有效破解了传统教学痛点，重塑了教学全过程，充分发挥了混合式教学优势，显著提升了学生自主学习能力、微生物生态分析能力与复杂环境工程问题解决能力，实现了知识传授、能力培养与价值塑造三位一体的育人目标，可为高校环境类专业基础课程数字化教学改革提供实践借鉴。